Pierwsza wzmianka o Nieszawie pochodzi z 1230 r., kiedy Konrad I mazowiecki podarował gród nieszawski braciom krzyżackim. Oni to, zapewne na bazie istniejącego wcześniej grodu drewniano-ziemnego, wznieśli na lewym brzegu Wisły warowny zamek w miejscu, które dziś nazywa się Wielka Nieszawka i jest położone kilka kilometrów na zachód od Torunia. Gród ten stanowił siedzibę najbardziej na południe wysuniętej komturii Państwa Zakonnego. W 1410 został zajęty przez Władysława Jagiełłę. Tutaj podpisano rozejm po wojnie 1410, który w lutym 1411 parafowano w Toruniu jako pokój toruński. Ostatecznie w 1424, po pokoju melneńskim, Nieszawa na rozkaz króla została zrównana z ziemią. Rok później Jagiełło rozpoczął budowę Zamku dybowskiego na lewym brzegu Wisły, naprzeciw Torunia. Osadę, która otaczała tenże zamek, nazwano Nieszawą. Zasłynęła ona z tzw. przywilejów nieszawskich, nadanych szlachcie przez Kazimierza Jagiellończyka. Tak położona Nieszawa była przeciwwagą dla krzyżacko-niemieckiego Torunia, a przede wszystkim zagrożeniem dla korzyści płynących z handlu na skrzyżowaniu szlaków wodnych i lądowych. Toteż mieszczanie toruńscy już w 1430 przy pomocy załogi zamku krzyżackiego zniszczyli Nieszawę. Osada podniosła się ze zniszczeń po powrocie do Korony i zaczęła względnie dobrze prosperować. Niedługo jednak, w lutym 1454, mieszczanie toruńscy wystąpili na czele Związku Pruskiego przeciw Krzyżakom, zdobyli toruński zamek krzyżacki, rozpoczynając tym samym wojnę trzynastoletnią. Jednocześnie postawili ultimatum królowi polskiemu, żądając przywilejów handlowych oraz zniszczenia Nieszawy w zamian za oddanie Torunia pod lenno króla polskiego. Ostatecznie Nieszawę przeniesiono w 1460 ok. 30 km w górę Wisły do miejsca gdzie się znajduje obecnie. Tak więc miejscowość w ciągu nieco ponad 200 lat zmieniła swe położenie dwa razy, przesuwając się blisko 40 km w górę Wisły. Nowe położenie okazało się korzystne, w ciągu XV i XVI w. nastąpił rozwój Nieszawy jako ośrodka handlu zbożem, któremu kres położyły najazdy szwedzkie w drugiej połowie XVII w. W 1793 miasto znalazło się w granicach zaboru pruskiego, od 1807 do 1815 w Księstwie Warszawskim, następnie w Królestwie Polskim (zabór rosyjski). Wiosną 1945 zabito nad Wisłą kilkunastu Niemców. W 2004 odsłonięto pomnik z napisem "Przebaczamy i prosimy o przebaczenie".